Дворянин из потомков татарского мурзы Чета, перешедшего на московскую службу. Четвёртый из шести сыновей Григория Ивановича Годунова, внук Ивана Ивановича Годуна, имя которого носила фамилия. Внук его брата Ивана — царь Борис.
Воевода в полку правой руки в походе от Великих Лук на Литву (1515). Воевода в большом полку в походе из Белой к Витебску (1516). С князем Елецким и Засекиным («Чёрным Совкой») командовал войсками разорившими окрестности Витебска и Полоцка (1519).