Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург (нем. Schleswig-Holstein-Sonderburg) — титулярное герцогство, подвластное датской короне в 1564—1668 годах. Часть его находилась на территории Дании (в герцогстве Шлезвиг — в основном на островах Альс и Эрё, а также вокруг Глюксбурга), а часть входила в состав Священной Римской империи (в герцогстве Гольштейн — амты Плён, Аренсбёк и Райнфельд).
В 1544 году датский король Кристиан III разделил территорию герцогств Шлезвиг и Гольштейн на часть, принадлежащую королю Дании и две части, которые были переданы его младшим единокровным братьям в обмен на отречение от прав на королевский трон. Когда в 1580 году скончался, не имея наследника, Ганс Шлезвиг-Гольштейн-Хадерслевский, и его герцогство было разделено между герцогом Адольфом и королём Фредериком II, то Фредерик II передал полученную часть герцогства своему младшему брату Гансу II. Столицей нового герцогства стал Зондербург (современный датский Сённерборг), и потому новую герцогскую линию стали называть Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург. После смерти Ганса II его герцогство было разделено между сыновьями, и так образовались вторичные генеалогические линии. Далее эти линии продолжали дробиться, а иногда сливались между собой. Необходимо подчеркнуть, что это были не государственные образования, а лишь титулярные владения, некоторые из них имели площадь всего несколько квадратных километров. Таких фиктивных правителей называли вымороченными герцогами.
Основная линия дома Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург шла через герцога Александра, третьего сына Ганса II, который жил в замке Зондербург. После банкротства 1667 года Зондербургская часть герцогства отошла датской короне. От этой линии отошли следующие:
Старшая линия дома Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Глюксбург идёт от герцога Филиппа. Эта линия пресеклась в 1780-х.
Линия Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Эрё (центр — остров Эрё) идёт от герцога Кристиана. Он умер в 1633 году, не оставив наследника, и его владения были разделены между другими родственниками.
Линия Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Плён (центр — замок Плён) идёт с 1623 года от герцога Иоахима Эрнста. Линия пресеклась в 1761 году. От неё отделились младшие ветви