Сопротивление оккупации страны нацистской Германией началось в Чехословакии с момента оккупации. В первые годы оккупации (1939—1941) сопротивление в основном носило характер саботажа на производстве, а также мирных демонстраций протеста, особенно с участием молодёжи и студентов. Так, 28 октября 1939 года пражские студенты и их преподаватели вышли на демонстрацию, чтобы отметить годовщину образования Чехословацкого государства. Войска оккупантов разогнали демонстрацию, при этом был застрелен студент медицинского факультета Ян Оплетал, похороны которого переросли в акцию протеста. 17 ноября немцы окружили студенческие общежития, более 1200 студентов были арестованы и заключены в концлагерь, девять из них были казнены. В память об этих событиях 17 ноября ежегодно отмечается как Международный день студентов[1].
Руководство чешским движением Сопротивления осуществляло чехословацкое правительство в изгнании во главе с Эдвардом Бенешем, находившееся в Лондоне. Связь с подпольными организациями и координацию их деятельности на территории оккупированной Чехословакии осуществлял руководитель военной разведки Франтишек Моравец.
На территории оккупированной Чехословакии действовали четыре основные группы Сопротивления: Центральное командование сопротивления на родине (чеш. Ústřední vedení odboje domácího, ÚVOD), комитет «Мы остаёмся верными» (чеш. Petiční výbor Verni zůstaneme, PVVZ) и «Народная оборона» (чеш. Obrana národa, ON), а также подпольные группы Коммунистической партии Чехословакии (КПЧ), связанные с СССР. Большинство членов организаций Сопротивления составляли бывшие офицеры расформированной чехословацкой армии. В 1941 году ÚVOD одобрило политическую программу PVVZ под названием «За свободу: к новой Чехословацкой Республике». Эта программа выражала приверженность демократическим идеалам бывшего президента Томаша Масарика и призывала к созданию республики социалистической направленности. ÚVOD не во всём разделяло политический курс Бенеша. В частности, летом 1941 года оно отклонило предложение Бенеша о частичном выселении судетских немцев после окончания войны, потребовав их полного изгнания, в конце концов Бенеш согласился с позицией ÚVOD.
По некоторым оценкам, в марте 1941 года Бенеш получил информацию о готовящемся нападении нацистской Германии на СССР, и, согласно его воспоминаниям, сообщил об этом американцам, англичанам и представителям Советского Союза. Нападение Германии на Советский Союз в июне 1941 года стало поворотным пунктом в развитии советско-чехословацких отношений, в том числе для чехословацкого Сопротивления, которое получало поддержку как от эмигрантского правительства в Лондоне, так и со стороны Москвы. В своём выступлении по лондонскому радио 24 июня 1941 года Бенеш заявил, что отношения между нашими двумя странами вернулись к ситуации, существовавшей до Мюнхена, и старой дружбе.