Сын военного дирижёра Джеймса Сидни Джонса-старшего (1837–1914) и Энн Джонс (урожденная Эйкотт). Сидни был вторым из шести детей. Его младший брат, Гай Сидни Джонс (1875–1959), также стал дирижером и композитором. В Дублине Джонс учился у сэра Роберта Стюарта (1825–1894).
Работал военным капельмейстером, дирижёром странствующих оперных трупп в Англии и Австралии. В 1887—1902 ассистент дирижера и кларнетист оркестра г. Харрогит[3]. С 1905 года дирижёр оркестра лондонского театра «Эмпайр».