Джон Ка́ннингем Ли́лли (англ. John Cunningham Lilly; 6 января 1915 — 30 сентября 2001) — американский врач-психоаналитик, учёный-нейробиолог. Известен своими исследованиями природы сознания в камере сенсорной депривации, психоделиков и коммуникативной способности дельфинов. Также внёс вклад в развитие биофизики, нейрофизиологии, электроники, информатики и нейроанатомии.
Джон Лилли был видным представителем калифорнийской контркультуры учёных, мистиков и мыслителей конца 1960-х и начала 1970-х. Альберт Хофманн, Грегори Бейтсон, Ричард Алперт, Тимоти Лири, Вернер Эрхард и Ричард Фейнман были частыми гостями в его доме.
Джон Лилли родился 6 января 1915 года в 7:30 в городе Сент-Пол, штат Миннесота, США. Родители его были глубоко верующими католиками. Это оказало влияние на формирование личности Джона (представления о грехе, искуплении). Впоследствии на эту почву упали идеи Фрейда о глобальном чувстве вины и породили стремление сделать мир лучше, а людей — более открытыми друг к другу и природе.
Джон был хрупким, болезненным мальчиком. Физическая слабость обострила его внешние и внутренние чувства, он рос вдумчивым, склонным к анализу своих и чужих ощущений, переживаний, поступков. Он очень рано духовно отдалился от своих родителей и сверстников, погрузился в мир раздумий, много наблюдал за природой.
Когда Джону было 10 или 11 лет, родители перевели его из обычной школы в католическую школу Св. Луки, где его стали готовить к службе при алтаре: он учил молитвы, пел в хоре. Поначалу Джон был горд своими успехами, но вскоре осознал, что церковь — не его место.
Подростком Джон был по-своему очень религиозен, но отказался принять официальную догматику католической церкви: он не выносил стеснения своей свободы, всегда отстаивал право на самостоятельное мышление. По просьбе Джона родители забрали его из школы Св. Луки и перевели в академическую школу в его родном городе Сент-Пол.