Вторая команда московского «Динамо» была основана в 1986 году решением ЦС «Динамо» путём замены ранее выступавшей во второй лиге команды «Динамо» Кашира.[1]
В первенстве СССР команда «Динамо-2» играла в третьей и четвёртой по силе лигах (вторая и вторая низшая) в 1986—1991 годах.
В первенствах России «Динамо-2» участвовало в 1992—1997 годах (во второй и третьей лигах). Лучшее достижение — 12-е место в 4-й зоне второй лиги в 1993 году.
Команду «Динамо-2» не следует путать с дублирующим составом (фарм-клубом) московского «Динамо» — командой «Динамо»-д, которая в 1992—1997 годах играла в одной зоне второй и третьей лиги с «Динамо-2»[2][3], в дальнейшем эта команда продолжила выступать во втором дивизионе в 1998—2000 годах под названием «Динамо»-2[3], вплоть до появления турнира дублёров.
Трижды «Динамо-2» принимало участие в розыгрыше Кубка России: в сезонах 1992/93, 1993/94 и 1995/96. Лучшее достижение — выход в 1/64 финала (1993/94).