Об его детстве информации практически не сохранилось, да и прочие биографические сведения о нём очень скудны и отрывочны; известно лишь, что происходил из рода из рода расколоучителей Денисовых[2]. В 1687 года во время осады Палеостровского монастыря Мишенским возбудил его защитников к самосожжению, а сам ушел, по официальным сообщениям — пограбивши казну, по преданию же раскольников — благословленный на дальнейшие подвиги[3].
В 1688 году Емельян Повенецкий снова явился поблизости Палеострова, в Толвуйском погосте и, собрав до пятисот человек, внезапно напал 23 сентября на Палеостровский православный монастырь, захватил там десять монахов и трёх крестьян, бросил их в погреб, и засел в монастыре, остальная братия которого разбежалась[3][4].
Против Емельки Второго выслан был из Олонца военный отряд, встреченный с монастыря ружейными выстрелами; 23 ноября защитники монастыря, не желая сдаваться, подожгли обитель и все погибли в пламени 23 ноября 1688 года.