Проистекает из горного массива Загрос в остан Лурестан и течёт через остан Исфахан[3], где впадает в болотистое солёное озеро Гавхуни[4][5].
На территории города Исфахан ширина реки увеличена в несколько раз, на обоих берегах разбиты парки. Через Зайендеруд проходят знаменитые многоарочные мосты Поле-Хаджу и мост Аллахверди-хана (Сиосеполь), построенные в XVII веке[6], а также древний мост Шахрестан, построенный в V веке.