Институ́т цитоло́гии и гене́тики СО РАН организован в числе первых 10 институтов Сибирского отделения Академии наук СССР в 1957 году. Расположен в новосибирском Академгородке[1].
ИЦиГ был организован в 1957 году, как первый генетический институт, вновь созданный в системе Академии наук СССР. Директором-организатором и первым директором ИЦиГ до осени 1959 года был академик Н. П. Дубинин. Институт формировался как многопрофильное научное учреждение для решения фундаментальных и прикладных задач в области генетики, цитологии, молекулярной биологии и селекции. С 1959 по 1985 год, при директоре Беляеве, спектр исследований Института существенно расширился за счет новых направлений — хромосомной и генной инженерии, физиологической генетики, математической биологии и др. В период с 1985 по 2007 год, при директоре Шумном, важнейшим направлением развития Института стала интеграция методов классической генетики с молекулярными, клеточными, онтогенетическими и популяционными подходами. С 2007 г. (директор – академик Н.А. Колчанов) ключевое значение приобретает комплексный подход к изучению генетических основ организации и функционирования живых систем на базе междисциплинарных исследований и интеграции экспериментальных и биоинформатических методов. Институту принадлежат лидерские позиции по ряду наиболее перспективных направлений генетики, селекции, клеточной и молекулярной биологии, эволюционной и физиологической генетики, системной биологии, биотехнологии, биомедицины.
31 декабря 2014 года Федеральное агентство научных организаций (ФАНО России) издало приказ о создании первого Федерального исследовательского центра (ФИЦ) в Сибирском отделении РАН. Таким ФИЦ стал Институт цитологии и генетики СО РАН, к которому в виде филиала присоединен Сибирский научно-исследовательский институт растениеводства и селекции СО РАСХН.
Директором-организатором ФИЦ стал академик РАН Николай Александрович Колчанов. 28 апреля 2015 года ФИЦ был зарегистрирован официально.
15 мая 2017 года в состав ИЦиГ СО РАН вошли два филиала, образованных на основе институтов СО РАМН: НИИ клинической и экспериментальной лимфологии, НИИ терапии и профилактической медицины. В 2017 году в ФИЦ была введена должность научного руководителя и первым научным руководителем ФИЦ стал Н. А. Колчанов.