Институ́т биоло́гии вну́тренних вод им. И. Д. Папа́нина — научно-исследовательский институт Российской академии наук, расположенный в посёлке Борок Некоузского района Ярославской области.
Учреждение Российской академии наук Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина РАН создано в соответствии с постановлением Президиума Академии наук СССР от 21 сентября 1956 года № 515 как Институт биологии водохранилищ АН СССР. Постановлением Президиума Академии наук СССР от 12 октября 1962 года № 861 Институт биологии водохранилищ АН СССР переименован в Институт биологии внутренних вод АН СССР, которому в соответствии с распоряжением Президиума Академии наук СССР от 16 июля 1987 года № 10123-1158 присвоено имя знаменитого полярника, первого директора Института, доктора географических наук И. Д. Папанина, который сыграл большую роль в создании Института.
Постановлением Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 года № 274 Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина Российской академии наук переименован в Учреждение Российской академии наук Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина РАН.
Основным направлением научной деятельности Института является изучение экосистем континентальных вод. В одну из главных задач Института входит ежегодный мониторинг водохранилищ Волжского каскада (главным образом Рыбинского).
При Институте Биологии Внутренних вод работает музейный отдел, в рамках которого функционируют дом-музей Ивана Дмитриевича Папанина и дом-музей Николая Морозова. Также открыта комната-музей Фёдора Солнцева.
На базе лаборатории Экологии рыб созданы музей-аквариум «Рыбы Волги» и большая экспозиция, посвящённая тропическим пресноводным рыбам.