Йоркширский музей был основан в 1830 году Йоркширским философским обществом. Первоначально в нём хранились его геологическая и археологическая коллекции. Здание для него было построено известным архитектором Уильямом Уилкинсом в греческом классическом стиле (неогреческом стиле), оно входит в число архитектурных памятников, охраняемых государством и расположено посередине Музейного сада (Museum Gardens), содержащего памятники зодчества, относящиеся к эпохе Средневековья. Музей содержит четыре постоянно пополняющихся собрания экспонатов по истории и археологии, биологии и палеонтологии, геологии и астрономии. Все эти четыре собрания Йоркширского музея имеют в Великобритании статус «избранных собраний национального и международного значения». Директор музея — Мэри Кершоу (Mary Kershaw).
Начиная с 2002 года Йоркширский музей, наряду с музеем Йоркского замка (York Castle Museum), Йоркской картинной галереей (York Art Gallery) и Музейным садом входит в и управляется Йоркским музейным трестом (York Museums Trust).
Со 2 ноября 2009 по 1 августа 2010 года музей был закрыт на реконструкцию. Более 2 миллионов фунтов стерлингов за это время было инвестировано в обновление интерьера здания, а также в 3 главные секции музея:
Археологическая коллекция музея насчитывает около 1 миллиона экспонатов, охватывающих историческую эпоху от 500.000 лет назад, в прошлое, и вплоть до XX столетия. Среди них такие ценнейшие экспонаты, как Коппергейтский шлем, найденный в Йорке в 1982 году и Ормсайдское блюдо, редчайшее произведение искусства серебряных дел мастеров англосаксонской Англии. В 1992 году музей приобрёл за 2,5 миллиона фунтов стерлингов коллекцию драгоценностей из золота и редких камней, обнаруженных в Миддлтоне, Норт-Йоркшир, относящихся к 1460 году. После проведённой реставрации они были выставлены в экспозиции в 2007 году.
В коллекцию по биологии и палеонтологии, содержащую около 200 тысяч предметов, входят экспонаты как современной фауны и флоры северо-восточной Англии, так и окаменелости и сохранившиеся скелеты древних животных, населявших эту землю в четвертичный период от наших дней вплоть до 125 тысяч лет назад (слоны, пещерные медведи, гиены и др).
Геологическая коллекция содержит собрание из 112.500 минералов и окаменелостей доисторических животных от карбона и мезозоя до третичного периода включительно. Особенно впечатляют сохранившиеся кости и костяки гигантских хищных ящеров.