Сын Ф. Д. Калайдовича, брат Ивана и Петра Калайдовичей; самый известный член этой семьи Константин Калайдович родился в 1792 году (источники указывают месяцем рождения май или декабрь, а местом рождения Елец, хотя его внучка указывала на Киев[1]).
Учился в Елецком народном училище и в Киево-Могилянской академии. После того, как семья переехала в Москву, учился «на своем коште» в гимназии Московского университета. В 1807—1810 годах учился на словесном отделении Московского университета, который окончил со званием кандидата словесных наук. Его наставником был профессор Р. Ф. Тимковский; по воспоминаниям Калайдовича в письме к С. Н. Глинке, он в то время часто посещал Карамзина, был много обязан Бекетову.
Ещё в 1810 году он был принят в общество испытателей природы, а потом занялся литературой и древностями и с 1811 года был действительным членом в московских обществах любителей словесности и истории и древностей. Начал печататься в «Вестнике Европы», с 1813 года — преимущественно статьи археологического содержания.
В 1811—1812 годах преподавал российскую историю и географию в Московском университетском благородном пансионе и университетской гимназии. В 1812 году служил в Московском ополчении. В московском пожаре 1812 года сгорел дом Калайдовичей («на Тверской, у Рождества на Палашах»), погибли библиотека, минералогическое собрание и нумизматическая коллекция Калайдовича. Вернувшись в Москву, он возобновил преподавание в благородном пансионе.
С 28 апреля 1813 года служил в Московском архиве иностранных дел. В 1813—1814 гг. занимался научными изысканиями для ОИДР в московских и окрестных монастырских библиотеках; в 1813 году обнаружил творения Иоанна Экзарха «Богословие» и «Шестоднев», сочинения Кирилла Туровского, приписку Домида на Псковском Апостоле 1307 г., соотносящуюся со «Словом о полку Игореве», в 1814 году нашёл Евангелие 1144 года.
В период 25 декабря 1814 г. — 11 января 1815 г. совершил поездку по Владимирской губернии для собирания древностей. Не имея средств для передвижения, подделал подорожную, в чём был изобличён городничим г. Коврова, арестован и препровождён под конвоем обратно в Москву[2]. Чтобы уберечь Калайдовича от дальнейших разбирательств, отец объявил его душевнобольным и 1 февраля 1815 года поместил в московский дом умалишённых («Матросская тишина»), откуда 15 июля он был отправлен в Мефодиев Пешношский монастырь, где год находился на положении послушника (проживание в монастыре «на покаянии» было условием получения свободы после пребывания в доме для умалишённых)[3]. В 1816 году жил в Калуге, где обнаружил экземпляр рукописи Кирши Данилова «Древнерусские стихотворения»; она была издана Калайдовичем в 1818 году с обстоятельным предисловием, представляющим первый опыт исследования русского былинного эпоса.