Днём образования группировки считается 14 декабря. В этот день в 1849 году, согласно Указу императора Николая I[1], был издан приказ начальника Главного морского штаба об упразднении Охотского порта и переноса Охотского флотского экипажа, Охотской мастеровой роты в Петропавловский Порт (ныне Петропавловск-Камчатский) и сведения их с Петропавловской флотской ротой в 46-й флотский экипаж. Также из Охотска было переведено и Штурманское училище, которое переименовали в Петропавловское морское училище. Новая группировка получила название Камчатская военная флотилия. Руководство флотилией было поручено военному губернатору Камчатки генерал-майору В. С. Завойко. С июня 1854 года 46-й ФЭ был переформирован в 47-й ФЭ. В 1855 году из-за действий объединённой англо-французской эскадры в Тихом океане было принято решение о перебазировании 47-го ФЭ в Николаевск (ныне Николаевск-на-Амуре), с этого же года 47-й ФЭ стал именоваться Сибирская военная флотилия. После окончания войны военный порт на Камчатке возобновил работу и просуществовал до Гражданской войны в России[2][3][4].
В СССР Камчатская военная флотилия образована 1 декабря 1945 года приказом народного комиссара Военно-морского флота СССР[4].
В 1960-х годах флотилия преобразована в Краснознамённую Камчатскую флотилию разнородных сил[4]. 30 апреля 1975 года флотилия награждена орденом Красного Знамени.
Включает соединения кораблей охраны водного района, авиацию и ПВО, морскую пехоту, береговые войска и другие воинские части.