Кантонная система управления в Башкирии — военная форма управления в 1798—1865 годах на территории Башкирии (Башкиро-мещерякское войско).
Введение кантонной системы было связано с необходимостью решения целого комплекса задач. Среди них можно выделить: предупреждение башкирских восстаний, необходимость усиления защиты юго-восточных рубежей страны, колонизацию края, расширение возможностей для завоевания Средней Азии.
Кантонная система управления в конце XVIII века применялась в ряде европейских государств. Подобная система управления функционировала на ряде территорий Австро-Венгрии и Пруссии. Введение кантонной системы управления на территории Башкирии было первым опытом широкого применения такой системы управления на территории Российской империи. Проект внедрения кантонной системы управления был разработан О. А. Игельстромом, занимавшим в 1784—1792 годах пост генерал-губернатора Уфимского и Симбирского наместничеств, и, очевидно, знакомого с такой формой управления. Прежде всего О. А. Игельстром приступил к переводу башкир и мишарей в военно-казачье сословие. 22 апреля 1789 года, после предварительных переговоров с башкирскими старшинами, 20 908 башкирских дворов были разделены на 103 команды (юрты). Для управления командами О. А. Игельстромом были назначены юртовые старшины (103 чел.) и их помощники (52 чел.). Также были назначены походные старшины (63 чел.) и сотники (213 чел.) которые были обязаны следить за военно-сторожевой службой башкир. Проведенное разделение значительно облегчало контроль за населением, так как на одного чиновника в среднем приходилось 48,5 двора. Однако башкиры, неся военную службу, продолжали находиться под гражданским управлением вплоть до 1797 года. Лишь 30 января 1797 года башкиры были переведены в военное ведомство с подчинением военному губернатору, но в отношении «домостроительства и тяжебных дел» было сохранено подчинение башкир гражданскому ведомству. Такое разделение управления, проведенное О. А. Игельстромом было 23 февраля 1797 года узаконено правительством[1].
В начале 1798 года в отчете правительству о состоянии Оренбургской линии О. А. Игельстром указал на недостатки в организации службы на границе. Недостатки заключались в злоупотреблениях башкирских старшин и земских исправников, позволявшим состоятельным башкирам откупаться от военной службы и отправляющих на неё бедных башкир, не обеспеченных оружием и лошадьми или непригодных к её несению, в отдаленности казачьих жилищ от Оренбургской линии, что снижало готовность нести службу после долгого перехода, а также обеднение хозяйств несущих службу из-за долгого отсутствия хозяев.