1 февраля 1547 года принял участие в работе Макарьевского собора. На Соборе были причислены к лику святых русские подвижники. 26 февраля 1547 года митрополит Макарий послал «на Вологду и на Белоезеро» грамоту, извещающую о канонизации святых.
В 1551 году — участник Стоглавого собора в Москве. В числе решений Собора было установление юрисдикции епископа Пермского и Вологодского Киприана «над настоятелями монастырей Великоустюжского, Архангельского, Арсеньева Комельского и Вологодского Глушицкого».
В 1555 году был участником Собора о «многоразличных чинех» и принимал участие в хиротонии первого архиепископа Казанского — святителя Гурия (Руготина).