Кыргызско-таджикская граница имеет протяжённость 984 км и пролегает от тройной точки с Узбекистаном до тройной точки с Китаем[1].
Граница начинается на севере Таджикистана в Ферганской долине. Граница проходит примерно на запад, с резким таджикским выступом у села Чоркух, она почти достигает Таджикского Моря, однако между водохранилищем и границей проходит тонкая полоска таджикской территории. Затем она поворачивает на юг возле анклава Лолазор, прежде чем резко повернуть на восток, достигнув Туркестанского хребта. Потом граница проходит по этому хребту, а также по Алайскому и Заалайскому хребтам на восток до границы с Китаем.
К спорным территориям относятся два таджикских села: Ворух и Лолазор, а также киргизское село Ак-Сай (Баткенская область).
Россия завоевала Среднюю Азию в XIX веке, подчинив также ранее независимые ханства Коканд, Хива и Бухарский эмират. После Октябрьской революции и образования СССР, было решено разделить Среднюю Азию на республики по этническому признаку в процессе, известном как национально-территориальное разграничение.
25 февраля 1924 года Политбюро и ЦК РКП (б) объявили, что они продолжат национально-территориальное размежевание в Средней Азии[2][3]. Этот процесс должен был контролироваться Специальным комитетом Среднеазиатского бюро РКП (б) с тремя подкомитетами для каждой из основных национальностей региона (казахов, туркмен и узбеков), при этом работа велась очень быстро[4][5][6][7][8]. Изначально планировалось сохранить Хорезмскую ССР и Бухарскую НСР, однако в конце концов они были разделены 27 октября 1924 года[9].
Первоначально граница была намного длиннее, так как в составе Узбекской ССР был Худжандский район. Граница приняла свое нынешнее положение в 1929 году, когда Таджикистан получил Ходжент и стал полноценной ССР[10][11]. Кара-Киргизская автономная область изначально входила в состав РСФСР в октябре 1924 года, с границами, почти совпадающими с границами современного Кыргызстана. В 1925 году он был переименован в Киргизскую автономную область в мае 1925 года, а затем стал Киргизской АССР в 1926 году, и наконец, она стала Киргизской ССР в 1936 году[12].