Седрик Клапиш родился в Нёйи-сюр-Сен недалеко от Парижа в еврейской семье. Его отец — физик Эли Робер Клапиш (1932—2020), был научным директором ЦЕРНа, мать — психоаналитик Франсуаза Мейер (род. 1940); родители его матери были депортированы в Освенцим. Кинообразование режиссёр получил в Университете Париж III Новая Сорбонна и Университете Париж VIII. Ему дважды было отказано в поступлении в престижную французскую киношколу IDHEC (фр. Institut des hautes études cinématographiques), ныне La fémis[1]. Позднее он поступил в киношколу Нью-Йоркского Университета, где и проучился с 1983 по 1985 год[2]. В 80-х он начал снимать короткометражки (In transit, Ce qui me meut), а впоследствии стал сценаристом и режиссёром игрового кино. Помимо этого он был режиссёром документальных французских фильмов о природе.
В 1996 году на Берлинском кинофестивале Седрик получил приз ФИПРЕССИ (программа «Панорама») за фильм «Каждый ищет своего кота».