Впервые место, где расположен Коробковский сад, упоминается как территория деревни Елистратьево, существовавшая между двух оврагов до XVII века. По неизвестной причине она прекратила своё существование и вплоть до середины XIX века на этом месте было поле.
1860 году, на месте современного Коробковского сада, коллежский асессор Пётр Акимович Краснов поставил кирпичный завод (1 печь, 7 сараев, 12 станков). Завод производил до 900000 кирпичей в год, глину для которых брали с территории будущего Коробковского сада. Ориентировочно в 1880 году он засыпает глиняные карьеры и разбивает на их месте сад. После череды перепродаж сада последним владельцем земель сада числится купец Коробков, устроивший тут пригородную усадьбу. Владелец Верхнекотловского кирпичного завода, Трифон Иванович Коробков, был потомственным почётным гражданином, предпринимателем, биржевым маклером при Московской бирже, владел собственным бумажным производством и знаменитым особняком в Замоскворечьи[1]. Главный дом усадьбы Коробкова запечатлел художник Герасимов, студент Московского училища живописи, ваяния и зодчества. С хозяином его познакомил писатель Владимир Гиляровский. В овраге со множеством ключей (Елистратьевский ручей) Коробков устроил каскад прудов, которые до сих пор наполняются живой ключевой водой. В верховьях реки Котловки, в котором им было собрано множество редких сортов плодовых деревьев. Сад Коробкова считался одним из крупных садовых имений, с большим разнообразием яблонь, груш, а также ягодных кустарников. Ученые-садоводы регулярно проводили в саду разнообразные испытания.
Перед революцией сад закладывается в Московском земельном банке и затем национализируется, реорганизовавшись в совхоз "Коробково". В конце 1920 года на территории Коробковского сада трудятся заключённые Кожуховского концлагеря[2]. В 1921 году В. И. Ленин решил использовать подмосковные сады, расположенные в бывших дворянских усадьбах с целью улучшения питания больниц и приютов. Для этого был использован и Коробковский сад, славившийся рекордными урожаями яблок.
Несмотря на Гражданскую войну и лихолетье, ботанические испытания продолжаются. В 1919 году Фитопатологическое Бюро испытывало здесь средства борьбы с паршой яблонь и груш, а в мае следующего года в саду был организован опытный участок по борьбе с вредителями сельского хозяйства. Сад был преобразован в помологический рассадник (сортовой питомник), который так начинает именоваться с первой половины двадцатых годов, где широко развернулась научная работа[3].
В середине тридцатых годов проводится большая реконструкция хозяйственных строений сада, в том числе самого двухэтажного дома Коробкова. Дошедшие до нас элементы штукатурки, фундаментов, оставшейся мебели, фурнитуры говорят о том, что здесь базировалась достаточно не бедная, для своего времени, организация, однако документов того периода по Коробковскому саду до сих пор не найдено.