Костозеро расположено в нижнем течении реки Шолы. Мягкая водная растительность Костозера занимает около 12 % площади.
Основными представителями ихтиофауны водоёма являются окунь, плотва, щука, линь реже встречаются ёрш, налим, язь.
По данным государственного водного реестра России и геоинформационной системы водохозяйственного районирования территории РФ, подготовленной Федеральным агентством водных ресурсов[2]: