Во всем мире различают две основные ботанические разновидности кофейного дерева — арабика и робуста, хотя на самом деле их гораздо больше.
Кофейное дерево в разных регионах плодоносит в разные сезоны — обычно различают периоды основного урожая и малого урожая, которые незначительно отличаются размером ягод и также незначительно — вкусовыми качествами настоя. Считается, что чем выше произрастает кофейное дерево, тем более ароматный напиток получается из его зёрен.
Само зерно в кофейной ягоде защищено несколькими слоями, выполняющими разные функции. Основной задачей по обработке кофейных ягод непосредственно на плантации является удаление этих слоёв без повреждения самих зерен.
Размер зёрен кофе играет важнейшую роль в определении его сортности — считается, что чем крупнее зерно, тем спелее была ягода, из которой его получили, и соответственно, тем лучше настой кофе из такого зерна. Зёрна кофе сортируются по размеру с помощью нескольких сеток с ячейками разного размера:
Данные сетки используются в большинстве стран, производящих и покупающих кофе, для определения размера зёрен, что является одним из важнейших критериев при определении сортности (принадлежности к тому или иному грейду).
Обычно в кофейной ягоде находится два зерна, однако иногда при опылении развивается только одно. Цельные зёрна по форме напоминают горошину, за что их и называют «пиберри» (англ. Peaberry, букв. «гороховая ягода»). Количество плодов с такими зёрнами составляет от 10 до 15% от всего урожая.