Основано в 1760-е годы на реке Свинуха. Принадлежало полковнику Степану Ивановичу Тевяшову, затем Чертковым. В 1846 году в Лизиновке была построена деревянная Стефановская церковь. В середине XIX века в ней имелись конный и кирпичный заводы, овчарня мериносов.
В 1923—1928 годах оно входило в состав Острогожского уезда и Россошанского уездов. В 1933 году в селе Лизиновка была организована машинно-тракторная станция. В годы Великой Отечественно войны, с июля 1942 по январь 1943 года, село было оккупировано немецкими войсками.
В селе имеются Дом культуры, средняя общеобразовательная школа, библиотека и фельдшерско-акушерский пункт.