Макронукле́ус, или вегетати́вное ядро́ — крупное ядро клеток инфузорий. В интерфазе именно в этом ядре происходят процессы транскрипции РНК, значит, макронуклеус управляет жизнедеятельностью неделящейся клетки[1].
В ходе конъюгации старый макронуклеус разрушается, а новый образуется в ходе эндомитотических делений дочернего ядра синкариона, поэтому он высокополиплоиден. Макронуклеус содержит сотни хромосом и их копий.
У макронуклеуса не обнаружен механизм, обеспечивающий равное разделение генетического материала в ходе деления ядра, поэтому то, как клетка сохраняет сбалансированный геном в процессе делений, остаётся загадкой.