Мануил Комнин Дука (греч. Μανουήλ Κομνηνός Δούκας) (1187 — 1241) — Фессалоникский император в 1230—1237 годы, правитель Эпира в 1230—1231 годах, а также правитель Фессалии в 1230—1237 и, затем в 1239—1241 годах.
Мануил был сыном севастократора Иоанна Дуки и кузеном византийских императоров Исаака II и Алексея III, а его братья — Михаил (незаконорождённый) и Феодор являлись правителями Эпирского царства.
В период между 1225—1227 годами Мануил получил из рук Феодора титул деспота, и тогда же женился на Марии (незаконорождённой дочери Ивана II Асеня), что укрепило союз Эпира и Болгарии[2].
После битвы при Клокотнице Феодор и его семья попали в болгарский плен, Мануил стал новым императором в Фессалониках. Также Мануил владел и Эпиром, который он отдал своему племяннику Михаилу II Комнину Дуке[1]. К тому времени Вся Фракия и Македония, Северная Фессалия, Великая Влахия и Эпирский Диррахий отошли к Болгарии. Мануил заключил союз как с ахейским князем Жоффруа Виллардуэном, так и с королем Сербии Стефаном[2].
Власти Мануила никто не угрожал вплоть до 1237 года, когда его тесть Иван Асень женился на дочери Феодора Ирине. После этого он отпустил свою новую родню, и Комнины Дуки прибыли в Фессалоники. Вскоре Мануил был свергнут, и его выслали в малоазийский город Адалию. Мусульмане позволили ему отправиться в Никею.
Получив от Иоанна III Дуки Ватаца деньги и флот, Мануил в 1239 году вернулся в Грецию, где захватил города Лариса, Фарсала и несколько крепостей, став правителем Фессалии. Феодор и его сын Иоанн признали его власть, и когда Мануил умер в 1241 году, он завещал свои владения своему племяннику — Михаилу II Комнину Дуке.