Длина реки — 236 км, площадь её водосборного бассейна — 3830 км²[2]. Питание смешанное, с преобладанием снегового. Половодье начинается в конце апреля, начале мая, пик половодья в середине мая, заканчивается половодье в середине июня. Среднегодовой расход воды — в 61 км от устья 41,9 м³/с[3].
Мезенская Пижма начинается на возвышенности Четласский Камень, отроге Тиманского кряжа на территории Республики Коми. Исток находится недалеко от Ямозера, из которого берёт начало Пижма (приток Печоры), иногда называемая Печорская Пижма для отличия от Мезенской Пижмы. Вскоре река втекает на территорию Архангельской области, по которой и течёт в дальнейшем.
Река течёт в почти не населённой местности, берега покрыты заболоченным лесом, скорость течения небольшая.
Напротив устья реки Четлас, на правом берегу Мезенской Пижмы, находится Усть-Четласский государственный природный ландшафтный заказник[4].
По данным государственного водного реестра России относится к Двинско-Печорскому бассейновому округу, водохозяйственный участок реки — Мезень от истока до водомерного поста у деревни Малонисогорская. Речной бассейн реки — Мезень[2].