Он руководил ботаническими садами в Роттердаме (1835—1846), Амстердаме (1846—1859) и Утрехте (1859—1871). С 1862 года возглавлял Государственный гербарий (нидерл. Rijksherbarium) в Лейдене.
Несмотря на то, что он никогда не совершал дальних путешествий, благодаря широким связям в научном ботаническом мире он собрал большую коллекцию растений Австралии и Нидерландской Ост-Индии. Он описал многие важные семейства растений Австралии и Индонезии, включая Казуариновые, Миртовые, Перечные и Гречишные.
Отец Микеля, врач, был выходцем из юго-восточной Франции. Начальное образование Микель получил в семье.
Микель изучал литературу, а затем — с 1829 года — медицину и лекарственные средства в университете Гронингена, который окончил в 1833 году. Ещё будучи студентом, Микель увлёкся морфологией растений, напечатал несколько ботанических статей, удостоенных премии, первую свою ботаническую работу посвятил морфологии мхов и папоротников. Получив диплом врача и одновременно степень бакалавра естественных наук, работал врачом в больнице в Амстердаме.
В 1835 году он читал лекции о лекарственных средствах (особенно о лечебных травах) в клинической школе в Роттердаме. Жизнь в Роттердаме позволила ему сблизиться с миром учёных-ботаников, публиковать свои статьи по морфологии, геоботанике и систематике растений. Микель по слабости здоровья никогда не выезжал за пределы Европы, тем не менее, используя гербарии и живые растения, привезённые другими из-за границы, он описал флоры Новой Зеландии, Суринама, Восточной Индии, написал несколько монографий о родах растений. В 1846 году он был избран постоянным членом Академии наук, стал профессором ботаники в Амстердамском университете, где проработал 13 лет, читая, кроме всего, лекции по фармакологии, палеонтологии и даже геологии. В 1850 году по совокупности научных трудов ему была присуждена степень почётного доктора естественных наук.
В 1859 году он перешёл в Утрехтский университет, где также стал профессором ботаники (в этом звании он состоял до самой своей кончины), одновременно исполняя обязанности директора Утрехтского ботанического сада.