Происходит от Генриха Моллер, которому в 1533 г. магистр Вальтер фон Плеттенберг пожаловал поместье Кондо в Лифляндии. Из его потомков Фридрих Рейнгольд (Фёдор Васильевич, 1760—1833) был главным командиром Кронштадтского порта и кронштадтским военным губернатором, а Беренд Отто (Антон Васильевич, 1764—1848) — морским министром. Этот род Моллер внесён в матрикул лифляндского дворянства и в VI часть родословной книги СПб. губернии.
Другой род Моллер происходит от Иоанна Моллер, шведского агента и резидента в Москве (1631), и внесён в VI часть родословной книги Санкт-Петербургской губернии.