Музей при Ярославском естественно-историческом обществе — первый музей Ярославля, основан в 1865 году; предтеча Естественно-исторического отдела (Отдела природы) Ярославского музея-заповедника.
21 ноября (3 декабря) 1864 года в Ярославле по инициативе профессора естественной истории Демидовского лицея А. С. Петровского было основано Общество для естественно-исторического исследования Ярославской губернии — одно из первых подобных. Среди его целей было создание музея местной природы. Несмотря на скептическое отношение к этой затее большинства образованных жителей губернии, не веривших в успешность в условиях провинции, благодаря неутомимой деятельности некоторых членов Общества идея встретила сочувствие среди ярославцев — экземпляры для музея приносили представители всех классов, полов и возрастов.[1]
Презентация коллекции состоялась уже 12 (24) января 1865 года. При поддержке благотворителей музей, задуманный как научный и профессиональный, уже через полтора года был открыт для публики. В августе 1866 года музей посетили цесаревич Александр Александрович и великий князь Владимир Александрович, пожертвовавшие средства на развитие. Ярославский губернский статистический комитет профинансировал геологическую экспедицию. Московское общество испытателей природы подарило полное собрание всех своих изданий для музейной библиотеки.[2]
К осени 1868 года музей располагал по ботанической коллекции: гербарий ярославской флоры в 680 видов, гербарий петербургской флоры в 500 видов, гербарий московской флоры в 500 видов, гербарий швейцарских растений в 490 видов, коллекция иноземных папоротников, растущих в теплицах купца Пастухова, в 70 видов, коллекция плодов и семян дикорастущих растений Ярославской губернии в 300 видов, коллекция грибов в 190 видов. По зоологическим коллекциям: коллекция чучел птиц Ярославской губернии в 500 экземпляров, коллекция птиц других губерний в виде отпрепарированных шкур в 120 экземпляров, начало коллекции ярославских млекопитающих в 36 экземпляров, коллекция гнёзд и яиц птиц европейской России (преимущественно Ярославской губернии) в 360 номеров, коллекция насекомых около 1200 видов, начало коллекции превращений насекомых, жилищ их и вредных насекомых, коллекция ярославских рыб, пресмыкающихся и земноводных около 400 экземпляров, коллекция ярославских моллюсков в 75 видов и коллекция эмбриологических препаратов в 80 номеров. По минералогическим и геологическим коллекциям; минералогическая учебная коллекция в 700 экземпляров и геологическая коллекция из окаменелостей, попадающихся в дилювиальных наносах Ярославской губернии и юрской формации берегов Волги в Ярославской губернии. При музее общество устроило небольшую библиотеку в 900 томов, пожертвованиями членов и посторонних лиц.[1]
Располагался музей в здании Ярославской мужской гимназии. Когда в 1880 году гимназия переехала в новое здание, он переместился во флигель во дворе губернского земства и был открыт для постоянных посещений.