Мухаммад-хан III (ок. 1538—1610) (уйг. مۇھەممەدخان) — хан Могульского ханства (1591—1610). Пятый сын Абд ар-Рашид-хана I.
В 1555/6-1570 гг. хаким Аксу и Уча. В 1570 году после его попытки пленить дочь Шах-хана, последний захватил Аксу, пленил Мухаммад-хана и вместе с женой заключил в Чалыш. Пленники были отпущены примерно через полгода по просьбе Абд ал-Карим-хана. С 1588 году хаким Кашгара и Йанги-Хисара. В 1588 году по поручению Абд ал-Карим-хана вновь завоевал Турфанский округ, заявивший о своей независимости. Однако после смерти Абд ал-Карим-хана в 1591 г. Турфан и Чалыш вновь отпали от Мамлакат-и Моголийе во главе с Худабанде-султаном. Мухаммад-хан III послал для покорения отпавших владений своего младшего брата Абд ар-Рахим-хана, которому пожаловал эти земли в удел.
Вступил на престол спустя три месяца после смерти своего брата Абд ал-Карим-хана, поскольку был в походе против киргизов в Чу-Таласском междуречье. Летом 1594 г. Шейбаниды неожиданно разорвали союзные отношения и вторглись в государство Мухаммад-хана под предлогом защиты прав сына Абд ал-Карим-хана Шах-Хайдар-Мухаммад-султана. Однако не добившись ощутимых успехов, узбеки быстро ушли, захватив добычу и пленных.
Он был правителем, который организовал иезуитский караван Бенто де Гоиша, посланный 3-м могольским императором Индии Акбаром в 1603 году, к границе Минского Китая. Гоиш прибыл в Яркенд в ноябре 1603 года, был принят Мухаммад-ханом и провел в стране почти полтора года, посетив Хотан, Аксу, Кучу, Чалыш и Турфан. Гоиш и Исаак провели год в Яркенде, ожидая формирования и отправки каравана в Китай. Они знали, что каждые несколько лет из Яркенда отправлялся караван, в основном из местных купцов, везших нефрит в столицу Китая (то есть Пекин) под видом "дани" императору Мин от различных правителей Центральной Азии. Согласно обычаю, император сам выбирал лучший нефрит, щедро возмещая ущерб кашгарцам, а оставшуюся часть нефрита продавал пекинским купцам. Гоиш также совершил боковую поездку в Хотан, где его предыдущий заем удельной правительнице-матери был щедро вознагражден нефритом[1].
Иезуит поразил Яркендского правителя Мухаммад-хана и мюрида Ходжу Исхака[2] подарком механических часов и получил от него документ на въезд в восточное "Царство Сиалис", которым правил сын Мухаммада[3].
Нагруженный нефритом караван "дани" покинул Яркенд в ноябре 1604 года. Они сделали остановку в Аксу, который все еще находился в пределах Кашгарского ханства, и номинальным правителем был 12-летний племянник Мухаммада. Иезуит подружился с мальчиком с помощью сладостей и исполнения европейского танца, а его мать-с различными маленькими подарками[4].