Идея организации Невского флота пришла в голову Петру Великому вероятно ещё в 1716 году, когда по его указу в Санкт-Петербурге начала строительство малых судов Партикулярная верфь. 141 судно различных типов, построенное на Партикулярной верфи в 1716—1718 гг. и составило так называемый Невский флот. Административное руководство и контроль над Невским флотом предоставлялись Невскому комиссару[1][2][3][4].
Постройка Невского флота обошлась государственной казне в 125 199 рублей 66 копеек. Всего было построено 10 яхт, 75 буеров, 10 торншхоутов, 21 баржа, 11 рябитов, 14 вереек.
Суда Невского флота передавались бесплатно высшим сановникам, флотским офицерам, кораблестроителям, Сенату, Синоду, Невскому монастырю и даже архиеереям и просто отдельным иностранцам в «вечное и потомственное владение, с тем, однакож, чтобы владельцы их починивали и вновь делали уже на свой счёт».
12 (23) апреля 1718 года был издан специальный устав или инструкция, затрагивающая аспекты деятельности Невского флота[5]. Согласно уставу, члены Невского флота были обязаны:
В обязанности Невского комиссара входила также регулярная (три раза в год: в мае, июле и октябре) проверка состояния судов Невского флота.
После смерти Петра Первого суда Невского флота до 1731 года больше на Неву не выходили, хотя формально флот никто не упразднял.