Нестанда́ртные аминокисло́ты — аминокислоты, которые, хотя и не входят в список встречающихся во всех живых организмах 20 аминокислот, обнаружены в составе белков. Нестандартные аминокислоты могут включаться в состав белков как во время их синтеза, так и в результате посттрансляционной модификации, то есть дополнительных ферментативных реакций. К первой группе относятся селеноцистеин и пирролизин, которые входят в состав белков при считывании стоп-кодона специализированными тРНК. Ко второй — 4-гидроксипролин, 5 — гидроксилизин, десмозин, N-метиллизин, цитруллин, а также D-изомеры стандартных аминокислот.