В 1687 году на речке Айдар возникло укрепление, построенное казаками-переселенцами с Дона, которые звали себя «новодонцами». По московской ревизии от 1703 года в «скаске» новоайдарцев сказано, что городку 20 лет (то есть 1683 год) и в нём, кроме всех прочих, проживает 70 донских казаков, состоящих на службе. В некоторых документах городок ещё назывался «Верхний Айдар». При нападении на Шульгинский городок в 1707 году, где останавливался и был убит князь Юрий Долгоруков, участвовали и донцы Нового Айдара — полковниками при Кондратие Булавине были новоайдарские казаки Иван Лоскут (соратник Степана Разина) и Григорий Банников. За столь активное участие в помощи Булавину городок был отнят у донских казаков и вся местность была передана слобожанам, которые переименовали Новый Айдар в слободу[2].
В 1778 или 1779 году[уточнить] Новоайдарская слобода стала уездным городом Азовской губернии и получила современное название Новоайдар.
После создания Украинской, а затем Днепровской укреплённых линий военное значение Новоайдара было потеряно. В дальнейшем слобода Ново-Айдарская являлась центром Ново-Айдарской волости Старобельского уезда Харьковской губернии Российской империи.
В ходе гражданской войны в декабре 1917 года в селении был создан Совет рабочих и крестьянских депутатов и установлена Советская власть[1]. 7 марта 1923 года село стало центром Новоайдарского района Старобельского округа.
В ходе Великой Отечественной войны 12 июля 1942 селение было оккупировано немецкими войсками. Утром 21 января 1943 года танковые части генерала П. П. Полубоярова освободили Новоайдар от гитлеровцев. Одна из улиц Новоайдара носит имя Полубоярова. Свыше 10 тысяч новоайдарцев было мобилизовано в ряды Советской Армии. Во время Великой Отечественной войны 1941—1945 гг. из района погибло 6448 человек.
В 1957 году Новоайдар получил статус посёлка городского типа[1], здесь начинают строить двухэтажные жилые дома и объекты социальной и культурной сферы.