Орден Ушакова был учреждён в СССР в 1944 году. После распада СССР орден был сохранён в системе государственных наград Российской Федерации Постановлением Верховного Совета Российской Федерации от 20 марта 1992 года № 2557-I, однако как государственная награда Российской Федерации не имел статута и официального описания до 2010 года.
Указом Президента Российской Федерации от 7 сентября 2010 года № 1099 «О мерах по совершенствованию государственной наградной системы Российской Федерации» утверждён статут и описание ордена.
В январе 2013 и апреле 2015 года в статут ордена были внесены изменения, согласно которым допущено награждение орденом, помимо военнослужащих, также объединений, воинских частей и кораблей Вооружённых Сил Российской Федерации, других войск и органов[1][2].
Первое награждение состоялось 23 февраля 2018 года — Президент России Владимир Путин вручил награду ТАВКР «Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов». 24 декабря 2019 года награда вручена Северному флоту — за выдающиеся заслуги в укреплении обороноспособности страны, высокие показатели в боевой подготовке, мужество и самоотверженность, проявленные личным составом при выполнении учебных, боевых и специальных задач[3]. 18 февраля 2023 года награда вручена 43-й дивизии ракетных кораблей[4].
Орденом могут быть награждены в исключительных случаях объединения, соединения, воинские части и корабли Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов за выдающиеся заслуги в боях по защите Отечества, в операциях по поддержанию (восстановлению) международного мира и в контртеррористических операциях, за участие в обеспечении успешных военно-морских операций.
Орденом могут также награждаться иностранные граждане — военнослужащие войск союзников из числа высшего офицерского состава, участвовавшие наравне с военнослужащими Российской Федерации в организации и проведении совместной успешной операции коалиционных группировок войск (сил).