Предложение о создании навигацких школ на востоке России принадлежало Витусу Берингу. В апреле 1730 года он подал в Сенат записку о мерах по освоению Камчатского и Охотского краёв, в которой, также предлагал: «Для морского пути обучать молодых казачьих детей всякому морскому обыкновению… сколько надлежит для проезду от Камчатки до Охотска. И ежели б оное учинилось, то б и отсюда посылать не надобно; а на всякое судно довольно по 12 или 13 человек для науки»[1].
Предложения Беринга были приняты, и 29 апреля 1731 года Правительствующий Сенат дал указание Сибирскому приказу подготовить на их основе надлежащие инструкции. Специальный указ от 22 июля 1731 года и инструкция из 33-х пунктов были направлены назначенному первому начальнику Охотского порта Григорию Скорнякову-Писареву (в прошлом — директору Морской академии в Санкт-Петербурге, с 1727 года находившегося в ссылке в Якутии). Ему ставилась задача «хотя бы народную школу не для одной грамоты, но и для цифиры и навигации завесть… и жалование малое для содержания учеников давать, из чего могут люди к службе знающие возрастать, а не дураками оставаться…»[2]; [3].
В 1732 году на Дальний Восток прибыли посланные от Адмиралтейств-коллегии штурманы Иван Бирев, Софрон Хитрово и Авраам Дементьев с шестью матросами, которым велено «обучать матросской должности» детей охотских казаков. Однако до Охотска они не добрались и остались по воле Скорнякова-Писарева в Якутске (в Охотск из них попадал только Бирев к концу 1735 года)[1].
В 1740 году командиром Охотского порта, вместо арестованного Скорнякова-Писарева, был назначен находящийся с 1727 года в сибирской ссылке А. М. Девиер. Он же и образовал школу для детей нижних чинов в Охотске, назначив учителем попа-расстригу Якова Самгина. В 1741 году в ней числилось 21 человек. Из-за отсутствия постоянных учителей школа работала с перерывами и оставалась цифирной, так как в ней обучали только грамоте и арифметике[3].
В начале 1755 года губернатор Сибири бывший моряк генерал-поручик В. А. Мятлев предписал находившемуся в Охотске штурману лейтенанту В. А. Хметевскому подготовить из числа учеников Охотской народной школы 10 человек «так, чтобы они, будучи в обучении, могли для надобных здесь к мореплаванию служителей вступить в навигацкия науки». 27 мая 1755 года Мятлев послал указ иркутскому вице-губернатору И. И. Вульфу о немедленной отправке в Охотск необходимого количества арифметик, логарифмов, аспидных досок, меркаторских карт, плоских циркулей и одного квадранта. В 1756 году все эти предметы были доставлены в Охотск, и во второй половине того же года народная школа была реорганизована в навигацкую.