Коллегия была образована в ходе реформы центральных органов управления указом Петра I от 11 (22) декабря 1717 год в числе первых 9 коллегий. Согласно указу являлась главным органом управления Военно-морского флота. В коллегию были переданы функции нескольких существовавших до этого флотских организаций:
15 (26) декабря 1717 года президентом Государственной Адмиралтейств-коллегии был назначен генерал-адмирал граф Ф. М. Апраксин,
вице-президентом — вице-адмирал К. Крюйс.
Коллегия подчинялась Сенату и возглавлялась президентом. В состав присутствия (общего собрания) коллегии входило от пяти до семи флагманов. Делопроизводством коллегии заведовал обер-секретарь, для ведения судебных дел имелся обер-аудитор, правильность ведения дел контролировал прокурор, в штате имелись два фискала для выявления служебных упущений и преступлений. Размещалась в центральной части комплекса зданий Петербургского адмиралтейства.
Основным рабочим органом коллегии была Канцелярия. С 1723 года все структурные подразделения коллегии стали носить названия контор:
К решению задач боевого управления флотом коллегия не привлекалась, хотя время от времени члены Коллегии принимали участие в составлении планов кампаний и общих указаний командирам эскадр.
Таким образом, по петровскому регламенту Адмиралтейств-коллегия состояла из флагманов, заседавших по старшинству и являлась, по существу, «военным советом», имевшим в подчинении 11 контор. Частая смена руководства конторами, отсутствие постоянного состава коллегии, необходимость для флагманов заниматься несвойственными им административно-хозяйственными делами приводили к беспорядку в делах[1].