Первый сезон «Губка Боб Квадратные Штаны» транслировался с 1 мая 1999 по 3 марта 2001 года. Он состоит из 20 эпизодов. Пилотный эпизод «Требуется помощник» был создан в 1997 году, но показан спустя 2 года — 1 мая 1999. Это потому что Стивен Хилленберг решил исправить/добавить некоторые вещи. В России сезон транслировался с 1 января 2000 по 15 апреля 2001 года на русскоязычном телеканале «Nickelodeon».
Стивен Хилленберг, создатель мультсериала, начал разрабатывать «Губку Боба» ещё будучи преподавателем морской биологии в Институте океанологии в городе Дана-Пойнт (штат Калифорния) — в этот момент для студентов он создал комикс под названием «The Intertidal Zone», в котором фигурировали различные антропоморфные морские формы жизни, многие из которых эволюционировали в персонажей «Губки Боба» — среди них губка по имени Боб, внешне похожий на настоящую морскую губку. В 1987 году, Хилленберг покинул институт, чтобы осуществить свою мечту стать аниматором и начал представлять себе возможную концепцию проекта, включающего антропоморфную морскую жизнь. В 1992 году Хилленберг окончил Калифорнийский институт искусств (курс Жюля Энджела)[1][2]. После его окончания на одном из анимационных фестивалей Стивен познакомился с Джо Мюррэем, создателем мультсериала «Новая жизнь Рокко», который предложил Хилленбергу работу в своём проекте после просмотра короткометражного фильма Стива «Wormholes»[2][3].
После завершения производства «Новой жизни Рокко» в 1996 году Хилленберг начал разработку собственного мультсериала, объединившись с некоторыми работниками «Nickelodeon» и частью съёмочной группы «Новой жизни Рокко», среди которых Дерек Драймон, Алан Смарт, Тим Хилл, Ник Дженнингс, Даг Лоуренс, Шерм Коэн, Дэн Повенмайр и другие[1][2][4][5]. Изначально Хилленберг планировал использовать имя «SpongeBoy» (с англ. — «Спанч Бой, Мальчик-Губка»), и мультсериал должен был называться «SpongeBoy Ahoy!»[1][4]. Однако после завершения озвучки для пилотной серии юридический отдел Nickelodeon обнаружил, что название «SpongeBoy» уже используется в качестве бренда швабр[6]. При выборе заменяющего имени Хилленберг считал, что он должен использовать слово «губка», чтобы зрители не приняли персонажа за «сырного человека». Он остановился на имени «Губка Боб», а фамилией решил сделать «Квадратные Штаны», считая, что это было «хорошим кольцом для него»[1].
После выхода пилотной серии «Требуется помощник» Хилленберг не был уверен, что мультсериал будет одобрен на полный сезон. Когда мультсериал был принят на производство, «Nickelodeon» заказал только шесть эпизодов (двенадцать 11-минутных серий). И Хилленберг, и сам канал имели низкие ожидания от проекта — Стивен считал, что съёмочная группа «сделает только двенадцать серий и проект будет завершён». Тем не менее, мультсериал получил положительные отзывы и сезон был продлён на четырнадцать дополнительных 11-минутных серий — с 13 серии (по производственному коду) «Кавалер»[7].