Высота устья — 0,9 м над уровнем моря.[источник не указан 1097 дней] Уклон реки — 0,17 м/км.[источник не указан 1097 дней]
Река берёт начало на возвышенном правобережье Северной Двины слиянием рек Белой и Чёрной на высоте 135,2 м над уровнем моря, течёт параллельно ей на северо-запад в широкой долине. Протекает главным образом по широкой пойменной долине.
Вот и Пинега, и первая сверху по Пинеге деревня Керга. Здесь большая книзу река и весной не шире Москвы, летом её вброд переходят. Сверху она сюда бежит сто вёрст и туда, наверх, приходит двумя реками: Белая река и Чёрная река.
В нижнем течении река протекает по карстовому району Беломорско-Кулойского плато и близко подходит к реке Кулой, которая впадает в Мезенскую губу Белого моря. В этом месте Пинега связана с Кулоем каналом «Кулой — Пинега»[4]. Далее река поворачивает на юго-запад и течёт в этом направлении до устья Паленьги, где поворачивает на запад. Ширина реки в устьевой части, чуть выше посёлка Печки, — 190 м, глубина — 4 м, скорость течения — 0,4 м/с, дно каменистое[5].