Протестантизм в Японии — крупнейшее направление христианства в стране. По данным исследовательского центра Pew Research Center в 2010 году в Японии проживало 910 тыс. протестантов, которые составляли 0,7 % населения этой страны[1]. Существуют и другие оценки; так в справочном издании «Операция мир» содержится информация о 929 тыс. протестантах, англиканах и прихожанах независимых церквей[2]. По данным «Энциклопедии религий» Дж. Г. Мелтона в 2010 году в Японии насчитывалось 1,177 млн традиционных протестантов и верующих независимых церквей[3].
В 2010 году в Японии действовало 10,9 тыс. протестантских приходов. Организационно, японские протестанты объединены в 193 союза (включая англикан и объединения независимых церквей)[2].
Этнически, большинство протестантов в этой мононациональной стране являются японцами. Немало протестантов и среди живущих в Японии японо-бразильцев, корейцев, китайцев и филиппинцев. Протестантами являются также свыше половины живущих в Японии американцев и англичан.
Первым христианским миссионером в Японии считают иезуита Франциска Ксаверия, направленного на миссию лично Игнатием де Лойолой. Франциск Ксаверий, которого часто называют «апостолом Азии», стал первым епископом Японии. В результате активной деятельности португальских и испанских миссионеров, к началу XVII в. число обращённых в католицизм достигло нескольких сотен тысяч человек. В 1614 году сёгун Токугава Иэясу издал указы о запрещении христианской религии, в 1639 году было окончательно запрещено исповедование христианства. Христианская община, подвергнутая гонениям и преследованиям, прекратила своё организованное существование.