Село Пруды находится на правом берегу реки Сейм, выше по течению примыкает город Путивль, ниже по течению на расстоянии в 2 км расположено село Сафоновка, на противоположном берегу — сёла Октябрьское и Корольки.
Река в этом месте извилистая, образует лиманы, старицы и заболоченные озёра, откуда и её название. Рядом проходит автомобильная дорога Т-1914.