РНК-полимераза II — фермент эукариот, который катализирует транскрипцию ДНК, синтезирует предшественников мРНК и большинство мяРНК и микроРНК[2][3]. Эта полимераза представляет собой комплекс массой 550 кДа, состоящий из 12 субъединиц. РНК-полимераза II является наиболее изученным типом РНК-полимеразы. Ей необходим широкий спектр транскрипционных факторов для того, чтобы связываться с генами выше промоторов и начинать транскрипцию.
Ко́ровые субъединицы РНК-полимеразы II были выделены с помощью анализов транскрипции[5]. Выделенный фермент имеет, как правило, 10—12 субъединиц (12 у человека и дрожжей) и не способен к специфическому распознаванию промотора[6]. Многие взаимодействия между её субъединицами уже известны[7].
Субъединица B4 РНК-полимеразы II (RPB4) — кодируется геном POLR2D[11], является четвёртой по величине субъединицей и может играть роль защиты от стресса.
RPB5 у человека кодируется геном POLR2E. Две молекулы этой субъединицы присутствуют в каждой РНК-полимеразе II[12]. RPB5 сильно взаимодействует с RPB1, RPB3 и RPB6[7].
RPB7 кодируется геном POLR2G и может играть роль в регуляции функций полимеразы[14]. RPB7 взаимодействует с RPB1 и RPB5[7].
В сборке РНК-полимеразы II участвует RPB3[16]. Субкомплекс RPB2 и RPB3 появляется вскоре после синтеза субъединицы[16]. Этот комплекс впоследствии взаимодействует с RPB1[16]. RPB3, RPB5 и RPB7 взаимодействуют друг с другом, чтобы сформировать гомодимеры, а RPB3 и RPB5 вместе способны связаться со всеми другими субъединицами RPB, за исключением RPB9.[7] Только RPB1 сильно связывается с RPB5[7]. Субъединицы RPB1 также контактирует с RPB7, RPB10, хотя и более слабо, чем с RPB8, контактирование с которой у неё наиболее эффективно[7]. После в комплекс RPB1 входят и другие субъединицы, такие как RPB5 и RPB7 могут входить, где RPB5 связывается с RPB6 и RPB8 и RPB3 доставляет RPB10, RPB 11, и RPB12.[7] RPB4 и RPB9 могут соединятся только когда почти весь комплекс собран. RPB4 образует комплекс с RPB7[7].