Для удобства префектуры Японии часто группируют в регионы. Эти регионы сложились исторически, они не имеют административного аппарата и не являются административными единицами. Например, карты и учебники географии делят Японию на восемь регионов, прогнозы погоды обычно указывают погоду по регионам, и многие организации включают название региона в собственное название (железная дорога «Кинки Ниппон», Банк Тюгоку, университет Тохоку и т. д.). Несмотря на то, что в Японии есть восемь высших судов, их зоны юрисдикции не соответствуют обсуждаемым регионам.
Каждый регион кроме Хоккайдо содержит несколько префектур. Хоккайдо содержит только одну префектуру Хоккайдо.