Тесные контакты с Китаем, Индией и Европой исторически способствовали религиозному и культурному разнообразию на территории Индонезии. Согласно данным переписи 2000 года, доля мусульман составляет 86,1 %, протестантов — 5,7 %, католиков — 3 %, индуистов — 1,8 %, буддистов и приверженцев других религий — 3,4 %.
Статья 29 конституции Индонезии страны утверждает, что государство базируется на вере в одного Бога, и гарантирует право граждан на свободу вероисповедания[1]. Преамбула проекта конституции, разрабатывавшегося во время борьбы за независимость страны, упоминала необходимость для мусульман следовать законам шариата, но эта фраза была удалена из проекта в августе 1945 года[2]. Попытки отдельных партий и движений добавить упоминания шариата в статью 29 конституции во время конституционной реформы 1999—2002 успеха не имели[2].
«Официально признанными» (например, при переписях населения) являются шесть (с 1978 по 1998 год, пять) религий: ислам, протестантизм, католицизм, индуизм, буддизм и конфуцианство. Первоначальный список, провозглашённый президентом Сукарно в 1965 г включал конфуцианство, но оно было устранено из списка «официальных» религий правительством Сухарто в 1979 г. В связи с этим жители страны могли указывать конфуцианство как свою религиозную принадлежность в переписи 1971 г, но не в последующих переписях (1980, 1990, 2000), при которых приверженцы конфуцианства (не являющиеся в то же время мусульманами, христианами, или буддистами) засчитывались как «прочие»[3].
Индонезия — самая многонаселённая мусульманская страна мира, где количество приверженцев ислама превышает 88 %[4]. Традиционно, мусульманское население сконцентрировано в наиболее густонаселённой, западной части страны, на островах Ява и Суматра. Доля мусульман на более восточных островах гораздо ниже. Большинство мусульман страны — сунниты, хотя проживает также около миллиона шиитов, сконцентрированных в районе Джакарты.
Торговцы из западной Индии, которые были преимущественно мусульманами, стали посещать западные острова Индонезии начиная с XII века. В то же время имеются доказательства о более ранних посещениях островов арабскими торговцами, возможно уже в VIII веке, однако тогда это не привело к массовой исламизации населения. В XIII—XV столетия ислам активно распространялся и процветал на данной территории, стал проникать во все сферы жизни населения. Как и торговые связи, религия распространялась с запада на восток, начиная с северной Суматры, затем проникла на Яву, а к XV веку — на полуостров Малакка. К XVI веку индуистское большинство сохранилось лишь на острове Бали. Население более восточных островов, бывшее анимистами будет в последующие века обращено либо в ислам, либо в христианство европейскими миссионерами.