Расположен на северо-западе от районного центра станицы Шелковской, в пределах государственного биологического заказника «Степной». Наряду с посёлком Песчаное и хутором Корнеев (Наурский район), расположенными западнее, является самым северным населённым пунктом Чечни.
Ближайшие населённые пункты: на севере — село Кумли (Дагестан), на юго-западе — посёлок Зелёное и село Бурунское, на западе — посёлок Песчаное, на северо-западе — село Карасу (Дагестан), на северо-востоке — село Арсланбек и посёлок Иммунный (Дагестан), на юго-востоке — село Сары-Су, посёлок Восход и посёлок Мирный[5].
В 1977 году Указом Президиума ВС РСФСР посёлок ОТФ № 2 госплемовцезавода «Шелковский» переименован в село Рунное[6].
12 сентября 1999 года, в период перед началом наземной операции в ходе Второй чеченской войны, село было подвергнуто бомбардировке с воздуха силами федеральной авиации.
По состоянию на 12 сентября в Дагестане фактически завершилась операция против мятежников-ваххабитов в Кадарской зоне, в завершающую фазу вошли боевые действия против отрядов Шамиля Басаева в Новолакском районе в ходе отражения нападения боевиков на Дагестан. Во время военных действий 4 сентября был совершён террористический акт в городе Буйнакске, 8 сентября взорван жилой дом на улице Гурьянова в Москве, 13 сентября взорван жилой дом на Каширском шоссе (см. Взрывы жилых домов в России).
В сложившейся ситуации уже с конца августа российская авиация осуществляла ракетно-бомбовые удары по военным лагерям и укреплениям боевиков на территории Чечни. Вечером 12 сентября бомбардировке — силами двух штурмовиков Су-25[7] — подверглось и село Рунное. Как выяснилось впоследствии, налёт на Рунное был совершён по ошибке и стал результатом дезинформации[8] — сведения о нахождении в селе боевиков оказались неверны, поскольку их силы концентрировались гораздо южнее, в станицах Шелковского района[9].