Была открыта в 1976 году как школа при команде мастеров «Зенит» Ленинград при профкоме ЛОМО. До ноября 2017 года именовалась ГОУ ДОД СДЮСШОР по футболу «Зенит». В 1994 году была открыта при Комитете по физической культуре и спорту Санкт-Петербурга.
Одна из двух сильнейших футбольных школ Санкт-Петербурга наравне с Академией ФК «Зенит» (ранее — школа «Смена»)[1][2][3], одна из сильнейших школ в России[4].
СШОР «Зенит» ежегодно входит в тройку сильнейших футбольных школ России. В 1998 году все три команды, принимавшие участие в чемпионате, первенстве и Кубке России, заняли первые места (1981, 1983, 1984 годов рождения). Победителями первенства России становились команды 1987 г. р. (2004), 1988 г. р. (2005), 1990 г. р. (2006), 2003 г. р. (2019)[5]. С 1994 года — 14-кратный победитель первенства Санкт-Петербурга в общекомандном зачёте[6].
Среди воспитанников школы — Сергей Веденеев, Николай Воробьев, Дмитрий Баранник, Денис Угаров, Дмитрий Давыдов, Алексей Ионов[7], Александр Панов, Александр Кержаков, Михаил Кержаков, Дмитрий Сенников, Максим Канунников, Евгений Башкиров, Сергей Петров, Рамиль Шейдаев, Иван Обляков, Андрей Васильев[8].
Команда юношей СШОР «Зенит» командой «Светогорец» выиграла чемпионат Ленинградской области в 1999 году[10].
В 2003—2005 годах команда СДЮШОР выступала в северо-западной зоне первенства ЛФЛ/КФК и кубке МРО «Северо-Запад». Результаты в первенстве: