Город основан испанскими конкистадорами в 1525 году и назван, как и страна, в честь Спасителя, но в форме Сан-Сальвадор — «Святой Спаситель», поскольку был заложен в день католического праздника Преображения Господня[2].
Расположен в юго-западной части страны, на Панамериканском шоссе, в долине реки Амакас, у подножия вулкана Сан-Сальвадор, на высоте около 600 метров.
Город был основан испанскими завоевателями в апреле 1525 по приказу Педро де Альварадо на месте захваченной конкистадорами индейской столицы Кускатлан, в современном Сиудад Виехо, потом центр города дважды переносился в другие локации. Название города переводится как «Святой Спаситель». После провозглашения независимости Сальвадора (1821) стал его столицей. Город испытал сильный прирост населения в XX веке, в 1900 году в нём жило 138 тыс. чел., в 1950—296 тыс., а в 1990 — более полутора миллионов.
За свою историю Сан-Сальвадор несколько раз подвергался серьёзным разрушениям во время сильных землетрясений в 1798, 1854, 1873, 1965 гг., последнее было в 1987 году. Согласно данным статистики, в настоящий момент в Сан-Сальвадоре крайне высоки уровни преступности и загрязнения.
В 1964—1976 и 1979—1988 годах Сан-Сальвадором управляли представители Христианско-демократической партии, в том числе видный член правительственной хунты 1980-х Хосе Антонио Моралес Эрлих и будущий президент страны Хосе Наполеон Дуарте, возглавлявший муниципалитет три срока подряд (1964—1970), и, как считается, заложивший основы инфраструктуры города. С 1988 по 1997 годы столицей руководили представители правой партии Националистический республиканский альянс (АРЕНА), в том числе (1988—1994) — Армандо Кальдерон Соль, будущий президент Сальвадора. С 1998 по 2009 администрацию возглавляли представители левого Фронта национального освобождения имени Фарабундо Марти (ФНОФМ) и его союзников.
В январе 2009 года алькальдом города вновь был избран представитель партии АРЕНА Норман Кихано, который вступил в должность 1 мая 2009 г. сменив на этом посту Виолетту Менхивар, представительницу ФНОФМ[3][4]. Норман Кихано побеждал на выборах мэра и в 2012 году.