В среднем течении на реке находится озеро Джордж. На реке и окружающих болотах обитают много видов флоры и фауны, а лесах на берегах водится множество редких птиц. Река Сент-Джонс известна своими аллигаторами.
Интересно, что истоки реки находятся на высоте всего лишь на 9 м выше чем впадение в Атлантический океан.