Синтения — по изначальному определению, расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме (независимо от того, наблюдается ли у них сцепленное наследование)[1]. Сегодня, однако, синтенией обычно называют ситуацию, когда расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме наблюдается в разных наборах хромосом (например, у разных видов). Это явление также называют общей синтенией (англ. shared synteny). Если при этом совпадает и порядок этих локусов в хромосоме, это называется коллинеарностью (collinearity)[2].
Слово «синтения» означает «на той же ленте» (др.-греч. σύν, «син» — «наряду с» + ταινία, «тайниа» — «лента». Его предложил Джон Ренвик (John H. Renwick) из London School of Hygiene & Tropical Medicine[англ.] в 1971 году. В 1999 году в журнале Nature Genetics вышла заметка, сообщавшая, что термин стали часто употреблять в новом значении и предлагавшая вернуться к оригинальному определению[1].
Классическая концепция связана с генетической связью: связь между двумя локусами, установленная наблюдениями, оказалась ниже, вопреки ожиданиям, частоты рекомбинации между ними. В противоположность этому, любой локус на той же хромосоме обладает определённой синтенией, даже если его частота рекомбинации не может быть отделена от частоты рекомбинации несвязанных локусов в практических экспериментах. Таким образом, в теории, все связанные локусы синтенические, но не все синтенические локусы обязательно связаны. Аналогичным образом, в геноме, генетические локусы на хромосоме синтенически независимы от других, это может быть установлено с помощью экспериментальных методов, таких как секвенирование ДНК/сборки, физической локализации или HAP-карт[англ.].
Студенты генетики используют термин синтения для описания ситуации, в которой два генетических локуса присвоены одной и той же хромосоме, но разделены достаточно большом расстоянием в масштабе карты и генетическая связь которых не подтверждена.
Синтения в народных терминах — обладание общей последовательностью хромосом. Многие человеческие болезни, вызванные генетической предрасположенностью имеют синтении с другими млекопитающими и степень перекрытия указывает, насколько хорошо лечение одного эффективно для другого.