В качестве отдельной партии была образована в 1944 году из Коммунистической партии Сирии и Ливана, которая была создана в 1924 году в Бейруте. Её лидер с 1936 года, Халед Багдаш, не шёл строго по ленинскому пути[источник не указан 4708 дней], а открыл партию для тех, кто боролся за независимость Сирии от Франции.
С 1958 по 1970 год, в эру Насера и правления Баас члены партии подвергались преследованию. Ситуация изменилась с приходом к власти Хафез аль-Асада. Партия приобрела легальность в связи с входом в 1972 году в Национальный прогрессивный фронт, который возглавляется правящей партией Баас.
В 1986 году споры в руководстве партии между Юсефом Файсалом и Халедом Багдашем относительно отношения партии к перестройке в СССР привели к расколу партии. Каждая из фракций долгое время выступали под именем «Коммунистическая партия Сирии», позднее историческое название осталось за партией Багдаша, а партия Файсала стала называться Сирийская коммунистическая партия (объединённая).
После смерти Багдаша в 1995 году во главе его части партии находится его вдова, Висаль Фарха Багдаш. В выбранном 22 апреля 2007 года парламенте обе партии вместе занимали 8 из 250 мест.