Основан в 1964 году на базе футбольной команды Семипалатинского цементного завода. Став победителем чемпионата Казахской ССР по футболу 1963 года, получил звание команды мастеров. С 1964 по 1991 год участник чемпионатов СССР. С 1992 по 2015 год участник чемпионатов Казахстана среди команд Премьер лиги и Первой лиги. С сезона 2016 года ввиду отсутствия финансирования не участвует в турнирах, проводимых под эгидой Профессиональной футбольной лиги Казахстана.
Несмотря на заявленное ранее возрождение клуба, в декабре 2022 года на встрече с болельщиками в Семее учредители клуба в лице Серика Байгалиева заявили о том что новообразованный «Елимай» не является правопреемником "Спартака", а создан как новое юридическое лицо[1].
Чемпион Казахстана 1994, 1995, 1998 годов. Бронзовый призёр чемпионата Казахстана 1996 года. Обладатель кубка Казахстана 1995 года.
В сезонах 1995, 2003—2005 в Первой лиге играла также вторая команда клуба — «Семей-2» (в 1995 и 2003 — «Елимай-2»).
¹ Ответный матч в Семипалатинске не состоялся из-за сильного мороза. На игре в назначенное время настаивали представители казахстанской стороны и на перенос на другую дату и время своего согласия не дали. По решению Азиатской ассоциации футбола в следующий раунд вышел «Аль-Наср» по результатам только одного матча.[источник не указан 3317 дней]
С 8 июля 1966 года являлся домашним стадионом для ФК «Спартак» (Семей). Расположен по адресу: ул. Гагарина, 168.