В рамках административно-территориального устройства является центром Ступинского сельского округа Ефремовского района[2][3], в рамках организации местного самоуправления входит в муниципальное образование город Ефремов со статусом городского округа[4].
Село впервые упоминается в писцовых книгах в 1690 году.[5] Эти земли были получены дьяком Ступиным за службу Петру I. В начале XVIII века дьяк владел 159 крестьянами мужского пола.
В 1719 году была возведена деревянная церковь Михаила Архангела. В 1783—1786 годах подполковник Пётр Иванович Бибиков возвёл каменный храм.
Действительный тайный советник Виктор Александрович Бибиков открыл в 1856 году начальное народное училище, которое было преобразовано в земскую школу.
В 1924 году Ступино вошло в Шиловский район, был образован сельсовет, который возглавил К. В. Алёшин. Школой заведовал М. К. Фетисов. Также действовала изба-читальня под руководством К. И. Ефремычева. Образовалось Ступинское сельскохозяйственное товарищество.
В 1930-е годы колокольня храма Михаила Архангела была разобрана до основания. Сам храм был переоборудован под тракторную станцию.