Сэлэнгэ находится на самом севере Монголии. Его северная граница является также государственной границей Монголии и России. На западе от Сэлэнгэ находится Булган, на юге — Туве, на востоке — Хэнтий. В центральной части аймака анклавом расположен аймак Дархан, образованный в 1994 году из 4 сомонов Сэлэнгэ и города центрального подчинения Дархана. В настоящее же время Сэлэнгэ состоит из 17 сомонов. Площадь аймака составляет 41 152,6 км². Численность населения — 95 804 человек (на конец 2010 года). Плотность населения — 2,33 чел./км².
Своё название аймак получил по протекающей через его территорию с юго-запада на северо-восток, к границе с Россией, реке Селенга (бур. и монг. Сэлэнгэ). Так же, только с юга на север, аймак Сэлэнгэ пересекает другая крупная монгольская река — Орхон, впадающая в Селенгу практически на самой границе. Административный центр аймака, город Сухэ-Батор, находится на правом берегу Орхона, в непосредственной близости от места слияния рек. В целом же ландшафт аймака представляет собой плоскогорье с горами высотой 2000 м и более в его восточной части.
Через территорию аймака Сэлэнгэ проходит Трансмонгольская железная дорога, связывающая столицу Монголии Улан-Батор с северными регионами и с Россией, а также параллельная ей автомагистраль Алтанбулаг — Улан-Батор.